第一，研究开发投入与产出缺乏强相关性，即使研发成功，研发成果也相对缺乏国际竞争力。
实践表明．我国高新技术企业研发投入和研发产出存在弱相关性，企业花在研究开发活动的费用太多是无效的，并没有直接转化为企业的技术资产。高新技术产业具有高风险特征，高技术企业具有极高的技术风险、市场风险和财务风险，企业研究开发失败的概率比较大。“二八”原则在高新技术企业研究活动中的作用非常明显，即“20％-30％的高新技术产业化的巨大成功是以70％-80％的高新技术企业的失败作为代价的。研发活动其有高风险性，任正非坦言“研发是很费钱的事”，“研发要做就要做大，小打小闹不如不做”。虽然我国高新技术企业自主创新活动相当广泛，研发力度较大，但是大多为“小打小闹”型企业，自主创新能力提升甚微，自主创新效益不够明显．往往半途而废．最终放弃技术，将重点转向了品牌管理。即使企业研发成功，研发成果也相对缺乏国际竞争力。总体看中国高新技术产业在国际产业分工中仍处于较低层次。
第二，研究开发投入对自主创新能力建设的贡献率比较低，产学研分离，投入不能有效的转化为产出。
我国高新技术企业研究开发规模不断扩大，投入强度屡创历史最高水平。然而．相对投入的高发展，我国科技投入产出则显滞后。根据国家科技部的《中国高新披术企业自主创新能力分析报告》，我国每年取得科技成果的转化率只有20％左右，形成规模效益的只有15％．约80％处于闲置状态。而且这20％转化的科技成果所生产的一半以上尚处于通过外延扩张的发展态势，在产业链延伸、附加值提高方面仍有待进一步的加强。
第三，中国高新技术企业普遍缺乏持续成长的能力，由持续的资金投入引起的财务风险较大，限制我国高新技术企业发展的主要瓶颈之一是缺乏有效的金融支持环境。
一方面，高新技术企业所需研究开发成本较高．自身难以独立承担。新技术产业具有高投入、高风险和高收益等特点．其发展过程对资余的需求量很大，其成本是传统企业的10倍-20倍。前期研发费用高，世界领域内的一些大规模企业的研发费用动辄就在每年几十亿美元以上，后期科技成果转化等所需要的费用更是呈l倍百倍的增加，任何个商新技术仓业都难以独立承担。另一方面，我国高新技术企业资金来源渠道窄，企业财务缺乏持续能力而导致技术创新失般的风险非常大。我国高新技术企业起步晚，企业规模较小，所有者投入资本小，加上后期自我积累能力低，企业自身资金实力较低。风险投资业在国内刚刚起步，无法提供充足的资金支持高新技水企业的成长。同时，由于缺少为高新企业融资的担保机构．致使处于创业初期与成长阶段的高新技术企业融资普遍困难，很难取得规模经济效益。加上在经营过程中，没有及时纳入国家扶持计划．得不到国家资金的强有力支持，高新技术企业普遍缺乏资金来源，而技术自身的特点以及科学技术更新速度呈趋快趋势，对企业研发的持续性要求非常高，因此由于缺乏资金来源导致技术创新失败的风险非常太。
第四，我国高新技术企业管理能力普遍较低，制约高新技术企业发展。
不同管理模式对高新技术企业自丰创新能力育较大影响，自主创新能力与企业管理能力证相关。企业的技术创新活动从立项到最终产品销售到企业日常管理过程的环节中，任何一个环节出错都能导致失败。任何一项技术，即使设计无缺陷，企业管理水平的落后也会使其无疾而终。我国高新技术企业规模普遍较小，管理水平落后．严重限制了高新技术企业的发展。
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